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Des champignons dans les poumons

Publié le 2020/08/05 par Jean Andris

Nous parlions hier du microbiome digestif, c’est-à-dire de l’ensemble des bactéries présentes dans le tube digestif de l’homme (mais aussi des animaux). On sait qu’il existe aussi un microbiome des poumons, de la peau, des voies urinaires, etc. Depuis quelque temps déjà, les chercheurs s’intéressent aussi, entre autres choses, aux champignons microscopiques qui habitent notre corps. Ils appellent cela le mycobiome (le radical « myco- » vient du grec ancien « múkês », qui veut dire »champignon »).

La surface totale des alvéoles de l’Humain adulte s’étend pour les deux poumons ensemble jusqu’à 100m2. Nous respirons pas moins de 10.000 à 20.000 litres d’air par jour. Si on sait que l’air ambiant contient, selon les cas, 10 à 50 spores de champignons par litre, il suffit de faire le calcul : en moyenne, nous en inhalons au moins 100.000 par jour.

Pas de soucis mais…

Pas de problème si nous sommes en bonne santé. Notre immunité, très forte au niveau pulmonaire, peut nous protéger efficacement contre cette invasion quotidienne. D’ailleurs, de nombreux champignons cohabitent avec nous sans provoquer le moindre dégât. On les appelle des commensaux, terme qu’on utilise pour l’ensemble des micro-organismes (bactéries, virus, parasites), présents dans ou sur notre organisme sans engendrer de troubles. Mais il existe d’autres espèces qui peuvent provoquer des maladies par leur simple présence : on dit qu’ils sont pathogènes. Et même, si notre santé est affaiblie pour une autre raison (faible immunité, problèmes cardiovasculaires, diabète, etc.) des commensaux peuvent être à l’origine d’altérations parfois graves : ils sont alors devenus opportunistes.

On sait peu de choses

En fait, on connaît peu de sur ce mycobiome pulmonaire. Il serait temps de s’y intéresser de plus près, écrivent des chercheurs dans la revue PLOS PATHOGENS (PLOS veut dire Public Library Of Sciences, un système de publication scientifique accessible à tous). Des questions importantes devraient être abordées en recherche. Par exemple, quelles sont les différences entre les mycobiomes des différentes espèces de mammifères ? Ce n’est pas purement théorique : on vu les questions sur l’origine du coronavirus de la COVID-19. Vient-il du pangolin, des chauve-souris ou encore d’un autre animal ? Les coronavirus sont des virus mais demain, une maladie due à un champignon pourrait apparaître. Comment comprendre son origine pour pouvoir s’y attaquer ? Ou encore, quels seraient les groupes à risque d’un nouveau désastre de ce type ? On a intérêt à savoir, parce que des pandémies, il y en aura encore et nous ne savons pas d’où elles viendront.

Source : Hamm PS et al. Decades-old studies of fungi associated with mammalian lungs and modern DNA sequencing approaches help define the nature of the lung mycobiome. PLoS Pathog 16(7): e1008684. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008684